辣椒果实中主要含有生物碱、色素、油脂类，其中，辣椒生物碱是辣椒的辛辣成分，主要包括有：辣椒碱(Capsaicin)、二氢辣椒碱(Dihydrocapsaicin)、降二氢辣椒碱(Nordihydrocapsaicin)、高辣椒碱(Homocapsaicin)、高二氢辣椒碱（Homodihydrocapsaicin）以及微量元素、植物蛋白等；辣椒中所含色素成分主要为辣椒红色素（也称作辣椒黄素）、辣椒玉红素等；辣椒种子中含有龙葵胺（solatubine）等，也有的含隐黄素(cryptoxenthin)、胡萝卜素(carotene)、维生素C、柠檬酸、酒石酸、苹果酸等等。
