海宝塔的始建年代不详，最早记载见于明代弘治年间撰写的《宁夏新志》：“黑宝塔（即海宝塔）在城北三里，不知 创始所由”。清乾隆年间，闽浙总督赵宏燮撰写《重修海宝塔记》，对此塔和海宝塔寺历史作了考证：“旧有海宝塔，挺然插天，岁远年湮，面咸莫知所自始，惟相传赫连宝塔”。赫连勃勃是南北朝时期大夏国的创建人，他于公元407年创建大夏国，431年被吐谷浑所灭。当时宁夏地区大部分图属后秦所有，佛教的传播和译经活动在北朝时达到了高峰。
拒此推测，海宝塔寺和海宝塔始建于后秦，而大夏国赫连勃勃又重修。1793年海宝塔毁于地震。现存海塔是清乾隆四十三年（1778年）重修的遗物。
