圆珠笔油墨的色素是染料。油墨颜色主要有蓝、红、黑三种，其中尤以蓝色油墨使用最多。过去蓝色油墨中的色素成分是盐基品蓝和盐基青莲，溶剂是氧化蓖麻油、蓖麻油酸。由于盐基性染料不耐光（耐光度只有1级-2级），不耐热，不耐酸碱，所以耐久性差，现已被淘汰。
香味圆珠笔有毒的报道屡见不鲜，劣质香味文具所含的挥发性有机化合物具有毒性，对人体有一定损害；但还没有听到过因正常使用没有掺加挥发性有机化合物的油性圆珠笔而中毒的事件。
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