系统中的二级阴床则主要交换一级阴床交换时泄漏的阴离子（主要是HSi03-）制取纯度更高的除盐水。一级除盐水经二级阳床的深度交换后，水中的微量阳离子（主要是Na+）被交换掉，水中的微量阴离子（主要是HSi03-）与树脂上交换下来的H+生成相应的无机酸。
这样由于排除了 NaOH的干扰，二级阴床就可以进—步除去水中的阴离子：
ROH + H2Si03→RHSi03+H2O
由于产物是离解度很低的水，所以交换反应可以进行得很彻底，出水水质较高。
